Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.74■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.91
LIMS1P48059 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
LIMS1P48059 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms