Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TMEM177-202ENST00000401466 1346 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SEPT7-201ENST00000350320 4350 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 EPB41L3-201ENST00000341928 4706 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CALR3-201ENST00000269881 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CMTM5-201ENST00000339180 1173 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC092638.2-201ENST00000441105 947 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PSMD5-208ENST00000625444 219 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SUGP2-215ENST00000601879 5546 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SIGLEC5-201ENST00000534261 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PCNX4-203ENST00000406854 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AFF3-202ENST00000409236 9849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RERE-204ENST00000400908 5790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
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USP39Q53GS9 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
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USP39Q53GS9 B3GAT2-201ENST00000230053 6565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PCDH10-203ENST00000618019 4574 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 IL17RD-201ENST00000296318 8720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
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USP39Q53GS9 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SETD7-203ENST00000406354 1127 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AL139420.2-201ENST00000449439 410 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
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USP39Q53GS9 ZNF124-206ENST00000543802 1292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC006435.2-201ENST00000574290 846 ntTSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PLIN5-202ENST00000586133 907 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC011472.1-201ENST00000588634 569 ntTSL 4 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 UBA52-208ENST00000596304 554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 TTC28-AS1_3.1-201ENST00000615579 181 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AP001184.1-201ENST00000637936 376 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NEIL2-201ENST00000284503 2671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 NPFFR1-201ENST00000277942 8921 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
USP39Q53GS9 SYP-201ENST00000263233 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
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