Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 TNNT3-201ENST00000278317 1210 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ZNF226-201ENST00000300823 817 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TNNT3-207ENST00000381589 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC007279.1-201ENST00000448547 837 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC106869.1-201ENST00000448713 577 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TROAP-213ENST00000550709 778 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 IGHV3OR15-7-201ENST00000558565 359 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC087741.1-205ENST00000572730 750 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC005323.2-202ENST00000581304 493 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AP000356.3-203ENST00000614808 601 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 BLACE-202ENST00000616210 540 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.144-201ENST00000617007 311 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FADS1-206ENST00000460649 1559 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MECP2-217ENST00000628176 1712 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PPP1R32-201ENST00000338608 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FTSJ1-203ENST00000396894 1669 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TPM3-206ENST00000330188 2108 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 EHHADH-203ENST00000456310 2577 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TMEM56-RWDD3-202ENST00000604534 1491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PSMC4-202ENST00000455878 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AP4M1-204ENST00000421755 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CD74-202ENST00000353334 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 HPGD-201ENST00000296521 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC106827.1-201ENST00000366454 431 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 COA6-203ENST00000366615 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CACNG7-202ENST00000391766 631 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL365500.1-201ENST00000442783 868 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 IGKV1D-43-201ENST00000468879 532 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC233280.19-201ENST00000633223 136 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ECE1-201ENST00000264205 2381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CNBP-203ENST00000446936 1623 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CNBP-204ENST00000451728 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 APBB1-203ENST00000389906 2684 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SLC50A1-203ENST00000368404 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 Z98885.2-201ENST00000565177 1567 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PDE8B-205ENST00000346042 3276 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 CTSL-202ENST00000342020 933 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TMSB4X-202ENST00000380635 767 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC023141.7-201ENST00000430646 407 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AL137026.2-201ENST00000437014 841 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ARL17B-203ENST00000570618 1140 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC005154.1-232ENST00000582549 556 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SEPT14P19-201ENST00000587432 336 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 HKR1-220ENST00000591259 734 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC009950.1-210ENST00000594622 553 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
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TCOF1Q13428 AC073578.2-201ENST00000618927 464 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
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TCOF1Q13428 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
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TCOF1Q13428 CCDC186-202ENST00000369286 1928 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SALL4P6-201ENST00000429385 1691 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 VASH1-AS1-202ENST00000556072 1684 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 DEDD-202ENST00000368006 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MT1E-202ENST00000330439 729 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 MAL-204ENST00000354078 831 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 VCX3A-202ENST00000398729 808 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SOX2-OT-209ENST00000485035 561 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 CD44-224ENST00000526669 870 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 CES1P2-201ENST00000566467 1242 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 CYP4F36P-201ENST00000589193 186 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 AC023090.1-201ENST00000592906 502 ntTSL 3 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SOX2-OT-222ENST00000595084 853 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 SOX2-OT-232ENST00000600386 792 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PROX1-AS1-235ENST00000628896 711 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 EIF3F-209ENST00000640290 372 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
TCOF1Q13428 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
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