Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 POU2F2-204ENST00000526816 3218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ENDOV-207ENST00000518907 2418 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 STXBP1-201ENST00000373299 3765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ZNF619-201ENST00000314686 2233 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 EIF4G1-201ENST00000342981 5667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 NLRX1-201ENST00000292199 3744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ATP13A1-202ENST00000357324 3861 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 USH1C-201ENST00000005226 2700 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ATP2B2-210ENST00000638646 3465 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LINC00841-201ENST00000451929 2126 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 TNK1-207ENST00000576812 3023 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AP1M2-201ENST00000250244 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CCDC187-203ENST00000569961 3158 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 IL1RL2-201ENST00000264257 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CRLF2-201ENST00000381566 1545 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PPP1R1B-203ENST00000394267 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ANKRD18A-201ENST00000399703 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SLC4A7-212ENST00000446700 4000 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 TCAF1P1-201ENST00000414990 2232 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SIGLEC9-201ENST00000250360 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 DPEP2-202ENST00000393847 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AGAP12P-201ENST00000585227 2359 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 L3MBTL1-204ENST00000418998 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PSME3-203ENST00000541124 3366 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 GTF3C4-201ENST00000372146 9043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LINC02346-201ENST00000383019 1967 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AL139193.2-201ENST00000553712 1954 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MYMK-201ENST00000339996 818 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CASC10-201ENST00000377113 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 KCNQ1-AS1-201ENST00000440887 1084 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AL157834.2-201ENST00000451737 663 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 ATP2C1-201ENST00000328560 3484 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 DHX16-202ENST00000376442 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 STK25-235ENST00000543554 2556 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 SPATA20-227ENST00000634597 2587 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PADI2-202ENST00000375486 4345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 GTF3C2-214ENST00000622534 1858 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LINC01725-203ENST00000417975 3177 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 FAM224A-201ENST00000419557 2031 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MTSS1-216ENST00000524090 2166 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 THEMIS2-201ENST00000328928 2337 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LAP3P2-201ENST00000454686 1454 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CATSPERE-201ENST00000366531 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 APBB2-211ENST00000506352 3316 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 RGS9-201ENST00000262406 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 RALGAPA1-203ENST00000389698 7864 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CCDC86-201ENST00000227520 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 GFPT2-201ENST00000253778 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 MEX3B-201ENST00000329713 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 TRMT10B-202ENST00000377753 2027 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 PLEKHB2-205ENST00000409279 2488 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 LAMA4-209ENST00000453937 645 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
USP28Q96RU2 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.6 ms