Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CACNA2D1-202ENST00000356860 7563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 GSDMA-201ENST00000301659 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PRR29-202ENST00000412177 3127 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NAA60-203ENST00000414063 2619 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 EIF3CL-201ENST00000380876 3085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 DYNC1I2-203ENST00000409197 2572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 DYNC1I2-206ENST00000409773 2583 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 TRAF3IP3-204ENST00000367026 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PLA2G4B-201ENST00000452633 2985 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 LMAN2L-202ENST00000377079 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ABCB8-202ENST00000358849 4683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NPAS4-201ENST00000311034 3303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 SLC6A2-201ENST00000219833 2858 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PRKN-205ENST00000366897 2877 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ADAMTSL2-201ENST00000354484 4068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NISCH-212ENST00000488380 3168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NHSL1-202ENST00000343505 6535 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 DCAF8-201ENST00000326837 3972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CPN1-201ENST00000370418 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 GRHL1-202ENST00000405379 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PJA1-203ENST00000374583 2692 ntAPPRIS P4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AOC1-201ENST00000360937 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PNKD-203ENST00000273077 3021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 MYADM-201ENST00000336967 3047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 GATA2-201ENST00000341105 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 GLB1L-202ENST00000392089 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ANKS1B-208ENST00000547010 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 FBXL7-203ENST00000510662 1758 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CALB1-201ENST00000265431 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC135782.3-201ENST00000562782 2105 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 FES-201ENST00000328850 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NUB1-201ENST00000413040 3180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC239798.2-201ENST00000415338 3540 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 RIPK4-201ENST00000332512 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 LRRC17-201ENST00000249377 2002 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 THRB-AS1-202ENST00000438096 702 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NADK-202ENST00000341991 3098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 THBS2-201ENST00000366787 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 KLHL13-209ENST00000545703 3322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 LINC01285-204ENST00000634601 1947 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AHI1-201ENST00000265602 4335 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 TBC1D24-201ENST00000293970 4340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 COL2A1-201ENST00000337299 4257 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ARAF-201ENST00000290277 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 HECTD2-201ENST00000298068 4802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC127496.1-201ENST00000576234 3133 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 IGFN1-201ENST00000295591 4439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC092143.1-201ENST00000556922 2776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 KIAA0930-201ENST00000251993 2723 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 COX6B2-210ENST00000593184 2083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AP000437.1-201ENST00000624057 2085 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PPP3R1-201ENST00000234310 3023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 C8B-201ENST00000371237 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 USH1G-202ENST00000614341 3558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 RNF43-205ENST00000581868 2610 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 MDM1-201ENST00000303145 2918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NEK4-202ENST00000383721 2576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 HMGCL-203ENST00000374490 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 TAB2-208ENST00000636456 3092 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 NFKBIZ-202ENST00000326172 3923 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC112Q8NEF3 CYTH1-215ENST00000591455 3286 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.3 ms