Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CLEC20A-202ENST00000623247 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PKD1P6-NPIPP1-202ENST00000605794 2902 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL117190.1-201ENST00000637474 1985 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NRADDP-202ENST00000641269 1585 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NEAT1-201ENST00000499732 1811 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SPATS2-203ENST00000547865 1810 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 OR7E115P-201ENST00000382617 1024 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TRBV4-1-201ENST00000390357 373 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TRBV4-2-201ENST00000390392 455 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ALG1L7P-201ENST00000502317 768 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AP005212.2-201ENST00000584979 510 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 COQ4-204ENST00000608951 781 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC026336.4-201ENST00000624565 1050 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 IQSEC2-207ENST00000638583 722 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MINDY1-205ENST00000493834 1546 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PPM1M-203ENST00000409502 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DCAF13-209ENST00000616836 2639 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 C10orf88-204ENST00000481909 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NCBP2-204ENST00000427641 1946 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 UPK1A-202ENST00000379013 1016 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ABCD1P4-201ENST00000399687 604 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ACTBP14-201ENST00000411655 1089 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PSAT1P2-201ENST00000426107 972 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-213ENST00000484836 821 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC083801.1-201ENST00000491689 358 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CISD2-202ENST00000503643 808 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SVOPL-203ENST00000421622 1653 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SNAPC2-206ENST00000597584 1413 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AL356753.1-201ENST00000427035 2018 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CATSPERE-202ENST00000366533 3019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SPATA7-203ENST00000393545 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CCL18-201ENST00000616054 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NUDT2-201ENST00000346365 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 SSR4-202ENST00000370085 526 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NUDT2-202ENST00000379155 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ANG-202ENST00000397990 742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 DLEU2-205ENST00000443587 705 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ACTN1-AS1-202ENST00000553961 599 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ZNF571-AS1-204ENST00000587121 822 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC008972.2-201ENST00000606587 494 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NUDT2-204ENST00000618590 825 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TICAM1-201ENST00000248244 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MRPL55-205ENST00000366731 1423 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 AC092115.1-201ENST00000566277 1402 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 GOLGA8IP-202ENST00000611635 2100 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 LPCAT4-209ENST00000617710 1719 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ARHGAP23-222ENST00000622683 5964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 UBXN11-206ENST00000374222 2043 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 NUMB-216ENST00000555394 3037 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 TATDN3-201ENST00000366973 2321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 STAG1-206ENST00000480733 1304 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 IZUMO1-201ENST00000332955 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TCOF1Q13428 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms