Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 TRMT10B-202ENST00000377753 2027 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 JPT1-202ENST00000356033 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MRPL35-201ENST00000254644 1061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ODF3L1-201ENST00000332145 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NDUFB6-202ENST00000366466 761 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PLA2G2A-202ENST00000400520 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC114812.1-201ENST00000421868 689 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC104961.1-201ENST00000427605 771 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PSMB8-AS1-204ENST00000429600 996 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC092573.1-201ENST00000433054 884 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KRT18P62-201ENST00000446618 1287 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 C21orf62-204ENST00000490358 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TROAP-213ENST00000550709 778 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RBFOX3-206ENST00000582043 1143 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SMAD7-208ENST00000591805 1152 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SCGB1B2P-201ENST00000595013 612 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RARS-210ENST00000626454 177 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 C7orf72-201ENST00000297001 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ZNF417-203ENST00000595559 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CNBP-205ENST00000500450 1516 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL365181.1-201ENST00000564032 1828 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TMEM14C-201ENST00000229563 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HPGD-201ENST00000296521 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CLCC1-202ENST00000348264 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SNX15-201ENST00000352068 771 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 IFNLR1-204ENST00000374419 953 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 RNF144A-AS1-203ENST00000426122 579 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SMAD9-IT1-201ENST00000437983 504 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HMGCLL1-208ENST00000508459 884 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL451165.2-201ENST00000606971 718 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PHF23-213ENST00000613632 850 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HPX-213ENST00000615166 826 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC005274.1-201ENST00000623460 802 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 HTR3D-201ENST00000334128 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 ADAMTS18-201ENST00000282849 5913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL6A1P12109 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.5 ms