Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
USP3Q9Y6I4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP3Q9Y6I4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP3Q9Y6I4 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87.2 ms