Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
LIMA1Q9UHB6 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIMA1Q9UHB6 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIMA1Q9UHB6 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms