Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SMARCAL1Q9NZC9 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SMARCAL1Q9NZC9 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms