Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.24
CCDC87Q9NVE4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CCDC87Q9NVE4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CCDC87Q9NVE4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.4 ms