Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
RPF1Q9H9Y2 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
RPF1Q9H9Y2 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.5 ms