Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS39Q96JC1 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS39Q96JC1 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms