Protein–RNA interactions for Protein: Q8WW32

HMGB4, High mobility group protein B4, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGB4Q8WW32 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
HMGB4Q8WW32 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HMGB4Q8WW32 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
HMGB4Q8WW32 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 286 ms