Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP41Q3LFD5 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP41Q3LFD5 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP41Q3LFD5 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms