Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CHD9Q3L8U1 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CHD9Q3L8U1 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22 ms