Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A4P53420 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A4P53420 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms