Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	YPR109W	YPR109W	885 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	snR19	snR19	568 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ATR1	YML116W	1629 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	KAR2	YJL034W	2049 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ASF2	YDL197C	1578 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	DBF4	YDR052C	2115 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	RBA50	YDR527W	1320 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	UBX7	YBR273C	1311 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	OCA5	YHL029C	2040 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	UBC6	YER100W	753 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YLL017W	YLL017W	312 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ALG6	YOR002W	1635 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	UGA1	YGR019W	1416 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YOR1	YGR281W	4434 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	CPS1	YJL172W	1731 nt		5.03	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	HXT5	YHR096C	1779 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YDL121C	YDL121C	450 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RTN1	YDR233C	888 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SNM1	YDR478W	597 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	FMP48	YGR052W	1110 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YHR214W	YHR214W	612 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YAR066W	YAR066W	612 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	TOM40	YMR203W	1164 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	NRM1	YNR009W	750 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	IMD3	YLR432W	1572 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	CYK3	YDL117W	2658 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	NRD1	YNL251C	1728 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RVB1	YDR190C	1392 nt		5.02	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	TSL1	YML100W	3297 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	CTF18	YMR078C	2226 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RAD53	YPL153C	2466 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	GDB1	YPR184W	4611 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	NSI1	YDR026C	1713 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	FRT2	YAL028W	1587 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SAS4	YDR181C	1446 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	HOS1	YPR068C	1413 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YIR018C-A	YIR018C-A	138 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RFU1	YLR073C	603 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	PPA2	YMR267W	933 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	UBX2	YML013W	1755 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RGT1	YKL038W	3513 nt		5.01	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	HES1	YOR237W	1305 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	NMD3	YHR170W	1557 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	GLT1	YDL171C	6438 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MHF2	YDL160C-A	243 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	KRE28	YDR532C	1158 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	UBC8	YEL012W	657 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SPO74	YGL170C	1242 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	PEX12	YMR026C	1200 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RRN9	YMR270C	1098 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YOR292C	YOR292C	930 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	ECM33	YBR078W	1290 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MPC54	YOR177C	1395 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MET7	YOR241W	1647 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SIP5	YMR140W	1470 nt		5	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MGS1	YNL218W	1764 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	EXO1	YOR033C	2109 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MAD3	YJL013C	1548 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SDA1	YGR245C	2304 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	tL(UAG)J	tL(UAG)J	82 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	tL(UAG)L1	tL(UAG)L1	82 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	tL(UAG)L2	tL(UAG)L2	82 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	tS(AGA)D3	tS(AGA)D3	83 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SPC24	YMR117C	642 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YPL113C	YPL113C	1191 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	IML2	YJL082W	2196 nt		4.99	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	VTA1	YLR181C	993 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MID2	YLR332W	1131 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	GTR1	YML121W	933 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YNL181W	YNL181W	1224 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	GSP2	YOR185C	663 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	ARR1	YPR199C	885 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	FOX2	YKR009C	2703 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	MET12	YPL023C	1974 nt		4.98	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	KGD1	YIL125W	3045 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	SPC97	YHR172W	2472 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	FRS1	YLR060W	1788 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	snR57	snR57	88 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	PCL9	YDL179W	915 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YHP1	YDR451C	1062 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	YKL023W	YKL023W	834 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	PDR16	YNL231C	1056 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	CAF4	YKR036C	1932 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RCK2	YLR248W	1833 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	DXO1	YDR370C	1329 nt		4.97	□□□□□ -1.61
SHP1	P34223	RXT3	YDL076C	885 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	INO2	YDR123C	915 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	RPL12A	YEL054C	498 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YGR011W	YGR011W	327 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	PCT1	YGR202C	1275 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YIL165C	YIL165C	360 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YJL215C	YJL215C	360 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	ENV9	YOR246C	993 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	YOR289W	YOR289W	756 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	snR34	snR34	203 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	STE12	YHR084W	2067 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	APE1	YKL103C	1545 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	CCZ1	YBR131W	2115 nt		4.96	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	PRT1	YOR361C	2292 nt		4.95	□□□□□ -1.62
SHP1	P34223	VPS36	YLR417W	1701 nt		4.95	□□□□□ -1.62

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