Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 MTUS1-229ENST00000634613 1193 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SERPING1-201ENST00000278407 2002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PUF60-209ENST00000527197 1559 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AP3M2-201ENST00000174653 3661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TCOF1Q13428 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL021395.1-201ENST00000611791 2232 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HMGCS2-201ENST00000369406 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 PROK2-201ENST00000295619 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HIST1H2AE-201ENST00000303910 509 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HNRNPA1P58-201ENST00000403629 610 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC004540.1-204ENST00000449537 727 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC026191.1-204ENST00000517846 608 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CHTF8-204ENST00000518041 567 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ZNF268-210ENST00000541211 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 C12orf73-210ENST00000552940 685 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LINC01543-201ENST00000578367 900 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FAM32A-204ENST00000588367 798 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 CCDC113-206ENST00000616795 891 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 ASGR1-209ENST00000619926 1384 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AL513315.1-201ENST00000640756 1370 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 UGP2-207ENST00000467648 2057 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DBF4-201ENST00000265728 3907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SLC6A12-207ENST00000536824 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 AC090643.2-201ENST00000623442 2029 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 DSCAM-AS1-202ENST00000427451 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 IMMT-212ENST00000620815 1520 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SHCBP1-201ENST00000303383 3461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SLC46A3-201ENST00000266943 3173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TCOF1Q13428 FCHO1-206ENST00000594202 3214 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 NBPF9-209ENST00000621645 5632 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 KRTAP1-3-201ENST00000344363 972 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 RPA3-202ENST00000396682 847 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FKBP1B-205ENST00000452109 953 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FAHD2CP-203ENST00000467292 965 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 TMEM123-208ENST00000532161 743 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 ARPP19-206ENST00000564163 718 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AL078590.3-205ENST00000606039 465 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AL359091.4-201ENST00000610052 409 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CACNA1A-211ENST00000592864 1623 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FGGY-204ENST00000371218 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 TPM4-202ENST00000344824 1417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CHEK2-201ENST00000328354 1867 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 COCH-203ENST00000460581 2688 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 CYB561A3-203ENST00000447532 1803 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 DDC-213ENST00000617822 1809 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 NSMCE1-201ENST00000361439 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC097059.1-201ENST00000413103 885 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 FAM92A-202ENST00000423990 914 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 LINC01278-201ENST00000433061 529 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 SERBP1P2-201ENST00000436888 1164 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 APCDD1L-AS1-206ENST00000445984 566 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 APCDD1L-AS1-208ENST00000448374 546 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 PAQR9-AS1-203ENST00000497652 516 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 RPS23-207ENST00000511844 530 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC005845.1-201ENST00000539206 653 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 AC008050.1-201ENST00000554926 632 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 TGFB3-204ENST00000556285 1280 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 LINC01278-206ENST00000610088 554 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 ARFIP1-203ENST00000405727 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TCOF1Q13428 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
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