Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 KRT18P8-201ENST00000581937 1246 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GPR132-202ENST00000392585 2887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TRPV4-202ENST00000418703 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GP6-201ENST00000310373 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 MCRIP1-207ENST00000574190 2775 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GOLGA8IP-202ENST00000611635 2100 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TTC7A-202ENST00000394850 4306 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RLF-201ENST00000372771 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ADGRE2-208ENST00000595839 2046 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TRMT2B-203ENST00000372939 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AL512306.2-201ENST00000444037 2219 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 OR2A25-202ENST00000641441 1733 ntAPPRIS P1 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 PNRC2-201ENST00000334351 2416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AMT-201ENST00000273588 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 CNGA3-204ENST00000409937 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 C9orf3-202ENST00000297979 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TTC39A-216ENST00000530004 1780 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 KATNB1-201ENST00000379661 2664 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 FUK-202ENST00000378912 3925 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 DAGLB-201ENST00000297056 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 NDUFC1-210ENST00000539387 725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 MRPS23-202ENST00000578444 580 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 C9orf50-202ENST00000619117 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 INMT-201ENST00000013222 2559 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ADORA2A-AS1-201ENST00000326341 2557 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ITGB2-206ENST00000397852 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 UQCC1-204ENST00000374384 2201 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TOX2-202ENST00000358131 2605 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 FAM76A-203ENST00000373949 2273 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RER1-207ENST00000488353 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TCAIM-201ENST00000342649 3687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AP5Z1-201ENST00000348624 2901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ELAVL4-207ENST00000448907 1951 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GPRC5B-209ENST00000569479 2984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 FAM98B-202ENST00000397609 4388 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 ACTR10-201ENST00000254286 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 MBD6-201ENST00000355673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 NFE2L1-218ENST00000583378 2051 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 CPN1-201ENST00000370418 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RNF44-201ENST00000274811 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 KIRREL2-203ENST00000360202 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 HAP1-204ENST00000393939 5683 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AL136309.1-201ENST00000403917 691 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
LIMA1Q9UHB6 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms