Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MBD6-201ENST00000355673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PHF8-202ENST00000338154 6062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PFN2-206ENST00000461930 606 ntTSL 4 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SAP25-201ENST00000538735 837 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PTPRS-204ENST00000587303 6353 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TBC1D1-214ENST00000508802 4119 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RIC8B-202ENST00000392837 5135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CSRP1-201ENST00000340006 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM87B-201ENST00000283206 5212 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AWAT1-201ENST00000374521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CELF1-201ENST00000310513 4583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 DISC1-221ENST00000620189 6689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MYL12B-201ENST00000237500 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC253536.4-201ENST00000440539 267 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LYRM4-206ENST00000468929 1168 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ACP7-202ENST00000594229 1149 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL157813.1-201ENST00000612996 587 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.65-201ENST00000615602 264 ntBASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 XPO7-201ENST00000252512 4861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PXDN-201ENST00000252804 6808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC35D1-201ENST00000235345 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC26A1-202ENST00000398516 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.22□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.1 ms