Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 RPL13AP3-202ENST00000494676 1473 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SNRPC-202ENST00000374017 1054 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SEPT7-AS1-201ENST00000412856 587 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ARSEP1-202ENST00000430152 499 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SRP14-208ENST00000560773 468 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC099684.2-201ENST00000574520 870 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC132825.4-202ENST00000578792 434 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC080013.5-201ENST00000607044 679 ntBASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CNMD-203ENST00000448904 1444 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SLC20A2-207ENST00000520179 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CHRNA2-201ENST00000240132 1735 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 DEDD-202ENST00000368006 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MT1H-201ENST00000332374 397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 OLFML2B-202ENST00000367938 1153 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PCLAF-202ENST00000380258 911 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 FLJ37035-201ENST00000419400 446 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC078785.1-204ENST00000460707 764 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 GABARAPL1-213ENST00000544284 531 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC091304.3-201ENST00000566500 716 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC087741.1-204ENST00000573935 646 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC007193.3-201ENST00000598616 188 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AL049840.2-201ENST00000602722 535 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HERPUD1-203ENST00000379792 1782 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SHMT1P1-201ENST00000419974 1312 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HPSE2-206ENST00000628193 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RNF212-201ENST00000333673 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 VPREB1-202ENST00000403807 755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ACTBP14-201ENST00000411655 1089 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AL359853.1-202ENST00000415218 544 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 LINC00303-203ENST00000427799 1028 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 VEGFA-219ENST00000518824 606 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC020904.3-201ENST00000624199 442 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CFAP36-204ENST00000406691 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SUCLA2-205ENST00000470760 1445 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 CYB5R2-201ENST00000299498 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RHOC-205ENST00000369636 786 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RHOC-207ENST00000369638 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC099567.1-201ENST00000414418 931 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AL121987.1-201ENST00000435580 645 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AP003351.1-201ENST00000522743 668 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC004801.1-201ENST00000549557 360 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 ALG10B-203ENST00000551464 571 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 AC007298.2-201ENST00000551849 862 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 SLC9A3R2-204ENST00000563587 1037 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RN7SL602P-201ENST00000578326 324 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 LINC01543-201ENST00000578367 900 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCAPERQ9BY12 RN7SL718P-201ENST00000581254 303 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms