Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ARL16-214ENST00000621051 1181 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 VAPA-202ENST00000400000 6815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ELL-201ENST00000262809 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MYLK-208ENST00000475616 5745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EIF4G1-218ENST00000434061 5026 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PCNX1-202ENST00000439984 6988 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 E2F3-201ENST00000346618 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 DENND1B-211ENST00000620048 8378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 GABRB3-219ENST00000636466 4509 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SERTAD2-201ENST00000313349 5549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC090826.2-201ENST00000568496 4946 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 KRT8P21-201ENST00000430398 1491 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SPECC1L-ADORA2A-201ENST00000358654 6204 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 WASHC2C-201ENST00000336378 4669 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SEMA6D-208ENST00000558014 6028 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NDUFB8-201ENST00000299166 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC131206.1-201ENST00000538078 1211 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MYO16-203ENST00000357550 6779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CDK12-201ENST00000430627 5918 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PCDHGA11-201ENST00000398587 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 GDPGP1-202ENST00000558017 5323 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TMEM2-202ENST00000377044 6523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SH3KBP1-205ENST00000397821 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ITGAM-202ENST00000544665 4718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TSPOAP1-201ENST00000268893 7483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SLC16A9-202ENST00000395348 4178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 KIAA1211-201ENST00000264229 4109 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.25□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SMARCA4-204ENST00000444061 4938 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 SNHG1-213ENST00000540725 1374 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 CAND2-201ENST00000295989 4429 ntTSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AC144522.1-201ENST00000625111 1658 ntBASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ZMYM3-206ENST00000373988 6021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
CCDC3Q9BQI4 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC14.24□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.3 ms