Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
TRIM28Q13263 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
TRIM28Q13263 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
TRIM28Q13263 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.45
TRIM28Q13263 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CNR1-201ENST00000362094 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CRIP3-202ENST00000372569 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 IGHV3-49-201ENST00000390625 439 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SERGEF-208ENST00000528200 1264 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 KLF17P1-201ENST00000547105 1126 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 LINC01500-204ENST00000556815 752 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 DNAJC17-212ENST00000627802 428 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MAP4K5-201ENST00000013125 4354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 USP39-220ENST00000613444 2161 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ZBTB32-202ENST00000392197 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ANKDD1A-202ENST00000395720 1518 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 COX4I1-208ENST00000564903 1481 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 RPL15-201ENST00000307839 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ANK1-203ENST00000314214 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 OR2V1-201ENST00000329365 948 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 LEMD1-205ENST00000367154 786 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AL137856.1-201ENST00000429398 773 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 LINC00887-204ENST00000456816 796 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CMC2-204ENST00000562713 573 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CMC2-209ENST00000565108 399 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 TPGS2-209ENST00000589049 1102 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ANXA9-201ENST00000368947 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MIR22HG-201ENST00000334146 1383 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ZNF460-202ENST00000537645 2037 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 HFE-203ENST00000336625 804 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AL357563.1-201ENST00000404728 395 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AP003398.1-201ENST00000531124 318 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AP005901.3-201ENST00000581666 415 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AL132780.4-201ENST00000624870 1135 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MDGA2-202ENST00000399232 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 EPN2-210ENST00000571254 1883 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 KCNJ11-204ENST00000528731 2146 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 CPN2-202ENST00000429275 2008 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 STK33-203ENST00000396672 2558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM28Q13263 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
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