Protein–RNA interactions for Protein: P78527

PRKDC, DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 4,128 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRKDCP78527 SFSWAP-210ENST00000541286 3219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ASLP1-201ENST00000428790 637 ntBASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 GYG1-209ENST00000483267 801 ntTSL 2 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CACNA1C-AS1-203ENST00000544517 742 ntTSL 4 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC092296.1-201ENST00000587018 566 ntTSL 4 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ATF7-212ENST00000591397 860 ntTSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 DUOXA1-205ENST00000558422 1678 ntTSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ERICH6-201ENST00000295910 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 Metazoa_SRP.8-201ENST00000398067 251 ntBASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC006987.1-201ENST00000413610 527 ntBASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC253536.1-201ENST00000437021 315 ntBASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC026120.2-201ENST00000617239 309 ntBASIC10.14□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ZNF570-202ENST00000586475 1985 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 VIPAS39-208ENST00000556412 1832 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 FAM83A-AS1-202ENST00000520576 1347 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 UCP2-202ENST00000536983 1413 ntTSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MKL1-204ENST00000402630 747 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AL161644.1-201ENST00000426901 1111 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AL356218.1-201ENST00000450864 353 ntTSL 3 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 RN7SL477P-201ENST00000488440 286 ntBASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MAX-218ENST00000557746 571 ntTSL 4 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CWC27-201ENST00000381070 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TUBA3GP-201ENST00000410028 1325 ntBASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ARAF-202ENST00000377039 1271 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 INCA1-202ENST00000574617 1260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC006504.5-210ENST00000585827 539 ntTSL 4 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ZNF571-AS1-204ENST00000587121 822 ntTSL 3 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC245427.1-201ENST00000633705 760 ntAPPRIS P1 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 HPSE2-206ENST00000628193 1760 ntTSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 UBE2V1-222ENST00000557021 2258 ntTSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 UBE2V1-224ENST00000625172 2297 ntTSL 4 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PPARG-205ENST00000397010 2017 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TPM3-204ENST00000323144 1088 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PLAC9P1-203ENST00000440031 223 ntBASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 FAM157C-201ENST00000563357 1806 ntTSL 2 BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.13□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 IMMP1L-201ENST00000278200 795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MYL1-202ENST00000352451 1065 ntTSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TAC4-203ENST00000352793 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC008267.3-201ENST00000448776 712 ntBASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 RN7SL479P-201ENST00000472003 300 ntBASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 HAND2-AS1-208ENST00000504740 837 ntTSL 3 BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AL353708.1-201ENST00000567904 1257 ntBASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 PILRB-213ENST00000609309 993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC123912.6-201ENST00000612657 315 ntBASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 AC245369.3-201ENST00000624687 411 ntAPPRIS P1 BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 DHRS12-202ENST00000280056 1324 ntTSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
PRKDCP78527 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC10.12□□□□□ -0.79
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