Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PABPC1-208ENST00000519004 2401 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TMUB2-211ENST00000589184 1837 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MIR6074-201ENST00000612054 107 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 OSBPL8-201ENST00000261183 7239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 OSBPL8-218ENST00000611266 7239 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AXIN2-201ENST00000307078 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CAMKV-209ENST00000477224 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 NR4A2-209ENST00000426264 2642 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SC5D-201ENST00000264027 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PRPF3-201ENST00000324862 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SCML4-203ENST00000369022 2377 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RPL15-213ENST00000611050 2363 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PGAM1P5-202ENST00000552554 2148 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GMCL1-201ENST00000282570 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC008429.1-202ENST00000518818 2067 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SGMS1-203ENST00000429490 3634 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SYNPO-205ENST00000522122 5098 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 FHOD3-201ENST00000257209 4967 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 FER1L4-204ENST00000430275 3281 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RTN4-202ENST00000337526 4790 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GFAP-201ENST00000253408 3135 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AMOTL2-212ENST00000514516 4521 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 GIPC3-201ENST00000322315 4335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 KRT74-203ENST00000549343 2858 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ARID3B-206ENST00000622429 4243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TJAP1-208ENST00000438588 2716 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 BCAT2-203ENST00000545387 1272 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CHD1L-211ENST00000639534 1144 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC111170.3-201ENST00000624282 2464 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CDH3-201ENST00000264012 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ATXN2L-215ENST00000564304 3514 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MTA3-202ENST00000405592 5832 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ATG9B-203ENST00000469530 3489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ZYG11A-201ENST00000371528 4469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SYNE3-201ENST00000334258 3275 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PBRM1-204ENST00000394830 5071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CCT7-201ENST00000258091 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LINC00887-202ENST00000414120 2880 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ENG-204ENST00000480266 2804 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 CEP295NL-205ENST00000619342 1866 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RFESD-201ENST00000311364 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ATP2C1-201ENST00000328560 3484 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SAMD4A-213ENST00000631086 6677 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 DCST2-202ENST00000368424 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TAGLN-207ENST00000532870 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RBM6-211ENST00000443081 4010 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 KIF6-201ENST00000229913 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 PISD-209ENST00000439502 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 NAPB-202ENST00000398425 3824 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC112Q8NEF3 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 141.7 ms