Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC13.43□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TMEM231-207ENST00000568377 2920 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MFSD11-217ENST00000590514 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 IMPDH1-204ENST00000419067 2431 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LIG1-203ENST00000536218 3179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KIAA0141-201ENST00000194118 2203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC26A11-202ENST00000411502 2872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CFAP52-202ENST00000396219 1912 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 EGR2-201ENST00000242480 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KRT8P29-201ENST00000420409 1371 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PCK2-216ENST00000561286 2012 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GGT5-202ENST00000327365 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 GABPB1-201ENST00000220429 2726 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NDRG4-255ENST00000570248 3207 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC067930.6-201ENST00000623257 4947 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RSPO3-201ENST00000356698 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SHPK-201ENST00000225519 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HIST2H2BB-201ENST00000449108 381 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 MIR3619-201ENST00000579667 83 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC092634.5-202ENST00000587736 928 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 SLC19A2-201ENST00000236137 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 EHMT2-201ENST00000375528 4047 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 CERK-201ENST00000216264 4450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
HOXD4P09016 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms