Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CCDC39Q9UFE4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CCDC39Q9UFE4 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CCDC39Q9UFE4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms