Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
CCL28Q9NRJ3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms