Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP28Q96RU2 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms