Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SKA1Q96BD8 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
SKA1Q96BD8 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SKA1Q96BD8 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms