Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.78■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.76
CCDC54Q8NEL0 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC19.77■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC19.77■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC19.77■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.76■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.75■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.74■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.73■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.72■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC19.71■□□□□ 0.75
CCDC54Q8NEL0 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.7■□□□□ 0.74
CCDC54Q8NEL0 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms