Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
VPS53Q5VIR6 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS53Q5VIR6 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms