Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN9AQ15858 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SCN9AQ15858 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SCN9AQ15858 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SCN9AQ15858 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SCN9AQ15858 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
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