Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SHHQ15465 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SHHQ15465 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SHHQ15465 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SHHQ15465 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SHHQ15465 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHHQ15465 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHHQ15465 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHHQ15465 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHHQ15465 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SHHQ15465 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SHHQ15465 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SHHQ15465 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHHQ15465 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHHQ15465 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHHQ15465 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SHHQ15465 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
SHHQ15465 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SHHQ15465 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SHHQ15465 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SHHQ15465 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHHQ15465 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SHHQ15465 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
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