Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 AOC2-201ENST00000253799 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.222e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SNRPA1-210ENST00000560383 565 ntTSL 413.42□□□□□ -0.262e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 CCNG1-201ENST00000340828 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.312e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 PHF8-201ENST00000322659 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC12.56□□□□□ -0.42e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 EXOG-214ENST00000474071 1799 ntTSL 212.32□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 PHF8-214ENST00000453905 534 ntTSL 412.27□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-206ENST00000524698 1933 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.25□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 HSDL1-203ENST00000562224 457 ntTSL 412.22□□□□□ -0.452e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 PHF8-204ENST00000357988 6024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.492e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 NFS1-208ENST00000440385 1794 ntTSL 511.87□□□□□ -0.512e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ATXN7L2-205ENST00000497545 4375 ntTSL 211.73□□□□□ -0.532e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ANKS1A-202ENST00000470698 957 ntTSL 511.48□□□□□ -0.572e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-217ENST00000527688 3858 ntTSL 211.4□□□□□ -0.582e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-209ENST00000378702 2617 ntTSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.612e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TRAPPC12-212ENST00000457845 579 ntTSL 410.92□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 PHF8-205ENST00000396282 3344 ntTSL 510.91□□□□□ -0.662e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-215ENST00000526950 1847 ntTSL 5 BASIC10.71□□□□□ -0.692e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 EXOG-209ENST00000450732 710 ntTSL 310.33□□□□□ -0.762e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-206ENST00000361471 2224 ntTSL 1 (best) BASIC10.09□□□□□ -0.792e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 NFS1-205ENST00000413203 646 ntTSL 510□□□□□ -0.812e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-212ENST00000378723 4645 ntTSL 1 (best) BASIC9.9□□□□□ -0.822e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 MAP3K15-204ENST00000518578 4697 ntTSL 29.72□□□□□ -0.852e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-204ENST00000429002 3855 ntTSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.862e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 PHF8-208ENST00000425862 565 ntTSL 49.51□□□□□ -0.892e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 BRI3-206ENST00000491463 567 ntTSL 49.27□□□□□ -0.932e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-208ENST00000525566 3836 ntTSL 1 (best) BASIC9.26□□□□□ -0.932e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-219ENST00000529546 2018 ntTSL 2 BASIC8.88□□□□□ -0.992e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-210ENST00000378705 714 ntTSL 58.83□□□□□ -12e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 HSDL1-207ENST00000568857 549 ntTSL 48.59□□□□□ -1.032e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SNRPA1-214ENST00000560987 478 ntTSL 28.25□□□□□ -1.092e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 MAP3K15-202ENST00000359173 3961 ntTSL 28.19□□□□□ -1.12e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-207ENST00000525265 572 ntTSL 28.14□□□□□ -1.112e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 CANX-210ENST00000505090 485 ntTSL 27.87□□□□□ -1.152e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-211ENST00000378707 7410 ntTSL 5 BASIC7.74□□□□□ -1.172e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SNRPA1-206ENST00000558059 678 ntTSL 27.72□□□□□ -1.172e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-205ENST00000503506 3930 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.68□□□□□ -1.182e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ARHGAP29-201ENST00000260526 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.57□□□□□ -1.22e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-202ENST00000343523 5623 ntTSL 5 BASIC7.42□□□□□ -1.222e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-204ENST00000358062 6773 ntTSL 57.33□□□□□ -1.242e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 CCNG1-210ENST00000511683 1071 ntTSL 27.19□□□□□ -1.262e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-228ENST00000541735 7080 ntTSL 5 BASIC7.13□□□□□ -1.272e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-222ENST00000474231 5209 ntTSL 5 BASIC6.94□□□□□ -1.32e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 EXOG-213ENST00000470291 455 ntTSL 56.93□□□□□ -1.32e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-205ENST00000359836 7339 ntTSL 5 BASIC6.85□□□□□ -1.312e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-203ENST00000397736 3832 ntTSL 5 BASIC6.69□□□□□ -1.342e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 EXOG-215ENST00000483749 871 ntTSL 26.57□□□□□ -1.362e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 TXNRD1-212ENST00000526390 3808 ntTSL 5 BASIC6.5□□□□□ -1.372e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SQLE-203ENST00000518931 554 ntTSL 45.95□□□□□ -1.462e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 PAN2-213ENST00000549348 567 ntTSL 45.33□□□□□ -1.562e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-229ENST00000619831 13734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC5.28□□□□□ -1.562e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SQLE-202ENST00000518604 743 ntTSL 25.11□□□□□ -1.592e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-207ENST00000378677 13932 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.82□□□□□ -1.642e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-230ENST00000620040 13746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.52□□□□□ -1.692e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 SQLE-204ENST00000520493 737 ntTSL 34.51□□□□□ -1.692e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 CCNG1-212ENST00000512532 540 ntTSL 24.07□□□□□ -1.762e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ARHGAP29-203ENST00000482481 8480 ntTSL 1 (best)4□□□□□ -1.772e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 DMD-203ENST00000357033 13956 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.792e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 EXOG-210ENST00000453767 576 ntTSL 42.8□□□□□ -1.962e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ARHGAP29-205ENST00000552844 3439 ntTSL 1 (best)2.07□□□□□ -2.082e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ABCC3-201ENST00000285238 5716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.198e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ABCC3-203ENST00000502426 5326 ntTSL 213.5□□□□□ -0.258e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 ABCC3-207ENST00000505699 5271 ntTSL 213.36□□□□□ -0.278e-7■■■■■ 43
SF3A3Q12874 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 43
SF3A3Q12874 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.213e-6■■■■■ 43
SF3A3Q12874 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.863e-6■■■■■ 42.9
SF3A3Q12874 TMF1-201ENST00000398559 6849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.33e-9■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 TMF1-203ENST00000488010 3399 ntTSL 511.05□□□□□ -0.643e-9■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 KIF2C-204ENST00000452259 1124 ntTSL 58.59□□□□□ -1.032e-17■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 KIF2C-205ENST00000455186 908 ntTSL 57.62□□□□□ -1.192e-17■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 KIF2C-208ENST00000493027 1091 ntTSL 55.99□□□□□ -1.452e-17■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 ZNF207-209ENST00000579416 396 ntTSL 24.15□□□□□ -1.752e-17■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 TMF1-202ENST00000477872 222 ntTSL 31.7□□□□□ -2.143e-9■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 KLHL17-202ENST00000463212 955 ntTSL 1 (best)16.11■□□□□ 0.179e-19■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 MYRF-203ENST00000389602 2052 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.061e-6■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.999e-16■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.989e-16■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.659e-16■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 NDRG2-261ENST00000557113 558 ntTSL 411.42□□□□□ -0.583e-13■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 NDRG2-216ENST00000553563 531 ntTSL 410.05□□□□□ -0.83e-13■■■■■ 42.8
SF3A3Q12874 RABGGTA-206ENST00000558649 768 ntTSL 214.5□□□□□ -0.092e-7■■■■■ 42.7
SF3A3Q12874 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.472e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 SARS2-212ENST00000600042 1630 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.362e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 SARS2-207ENST00000597490 308 ntTSL 515.01□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.22e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 SARS2-205ENST00000594171 1631 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.322e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 SARS2-209ENST00000598563 506 ntTSL 312.34□□□□□ -0.432e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 SARS2-203ENST00000455102 1118 ntTSL 211.83□□□□□ -0.522e-7■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 ACADVL-210ENST00000578269 724 ntTSL 220.34■□□□□ 0.851e-6■■■■■ 42.6
SF3A3Q12874 RNF44-204ENST00000506378 848 ntTSL 216.1■□□□□ 0.178e-7■■■■■ 42.5
SF3A3Q12874 CCNL2-205ENST00000425598 661 ntTSL 518.17■□□□□ 0.51e-11■■■■■ 42.5
SF3A3Q12874 C3-212ENST00000599899 1992 ntTSL 29.39□□□□□ -0.915e-12■■■■■ 42.5
SF3A3Q12874 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.851e-6■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 WDR90-215ENST00000549091 5589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.671e-6■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 WDR90-222ENST00000552683 2342 ntTSL 220.43■□□□□ 0.869e-7■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 NCAPG2-201ENST00000356309 3930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.96□□□□□ -0.496e-7■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 NCAPG2-204ENST00000432615 4134 ntTSL 59.82□□□□□ -0.846e-7■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 NCAPG2-205ENST00000441982 2926 ntTSL 29.46□□□□□ -0.896e-7■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 NCAPG2-203ENST00000409423 3957 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC9.19□□□□□ -0.946e-7■■■■■ 42.4
SF3A3Q12874 NCAPG2-206ENST00000467785 3276 ntTSL 1 (best)9.06□□□□□ -0.966e-7■■■■■ 42.4
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