Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
LIG1P18858 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
LIG1P18858 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIG1P18858 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIG1P18858 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIG1P18858 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
LIG1P18858 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
LIG1P18858 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
LIG1P18858 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG1P18858 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG1P18858 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
LIG1P18858 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG1P18858 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG1P18858 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG1P18858 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
LIG1P18858 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG1P18858 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG1P18858 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG1P18858 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
LIG1P18858 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
LIG1P18858 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
LIG1P18858 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG1P18858 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG1P18858 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG1P18858 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG1P18858 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
LIG1P18858 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
LIG1P18858 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
LIG1P18858 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms