Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
COL6A3P12111 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
COL6A3P12111 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
COL6A3P12111 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.2 ms