Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LIG1P18858 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 HSD17B4-215ENST00000510025 2589 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CCNG1-202ENST00000393929 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LINC01305-201ENST00000420866 3123 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KCNH6-202ENST00000456941 2928 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ADAM15-202ENST00000355956 2877 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AUTS2-218ENST00000615871 4511 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PPM1M-201ENST00000296487 2429 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PLAGL1-201ENST00000354765 3663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BPI-201ENST00000262865 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MYH6-202ENST00000405093 5941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 HEBP2-202ENST00000448741 661 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC007389.4-201ENST00000454674 793 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FGFR1-202ENST00000335922 4157 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MICAL3-206ENST00000441493 9445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ETV7-201ENST00000339796 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BLK-201ENST00000259089 2606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SEMA4D-204ENST00000420101 1837 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GIPC2-201ENST00000370759 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ATRIP-204ENST00000412052 2721 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GNAS-215ENST00000371102 3438 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FAM120C-201ENST00000328235 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SPAG9-201ENST00000262013 8273 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TMEM30B-202ENST00000555868 4471 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC105940.2-201ENST00000421055 380 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 ATL2-210ENST00000452935 2199 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PLXNC1-202ENST00000545312 1813 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 STK32B-201ENST00000282908 3582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CERKL-206ENST00000410087 3208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 GDF9-201ENST00000296875 1796 ntTSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PSEN2-202ENST00000366783 2306 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC012184.2-203ENST00000443119 2110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC010247.2-201ENST00000559786 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AL139094.1-201ENST00000405549 1188 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 USP44-203ENST00000537435 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 CEP70-201ENST00000264982 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LIG1P18858 TATDN3-201ENST00000366973 2321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms