Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 GRPEL2P1-201ENST00000453145 339 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC068057.1-201ENST00000453322 709 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC025186.1-201ENST00000478174 870 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ZNF879-202ENST00000519896 543 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AL162632.1-201ENST00000546784 548 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 UXT-AS1-202ENST00000591832 565 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC006483.2-201ENST00000609813 515 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 KYAT1-201ENST00000302586 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MYH16-204ENST00000452010 1599 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ODCP-201ENST00000459650 1639 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 GOLGA8K-202ENST00000512626 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 GOLGA8T-202ENST00000569052 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 HIST1H2AE-201ENST00000303910 509 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 XPNPEP2-201ENST00000371105 912 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SERF2-206ENST00000409291 807 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC245884.1-201ENST00000457113 529 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 C10orf113-201ENST00000529198 614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TNNI1-205ENST00000555948 580 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC010632.2-201ENST00000588369 1224 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 PEBP1P2-201ENST00000603980 558 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TRIM45-202ENST00000369461 2415 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 NFATC1-201ENST00000253506 4642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC006262.1-203ENST00000598170 1634 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 DIO1-203ENST00000388876 606 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 EIF4E2-205ENST00000409394 604 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LINC02171-201ENST00000508619 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 DIO1-204ENST00000524406 626 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 DIO1-213ENST00000532493 406 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 VENTXP3-201ENST00000546480 773 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC009041.1-201ENST00000565401 544 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 C19orf70-203ENST00000587589 577 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC073578.2-201ENST00000618927 464 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC106827.1-201ENST00000366454 431 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RPL10-202ENST00000369817 1284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AADACL2-AS1-202ENST00000483843 628 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC145285.5-201ENST00000562217 361 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AL139339.2-201ENST00000608063 657 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SLC35F2-204ENST00000525815 3170 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 CDK11A-201ENST00000356200 2653 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
SCN9AQ15858 FDFT1-214ENST00000528812 2013 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.6 ms