Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ERG28-201ENST00000256319 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CDCP2-201ENST00000371330 2723 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TFAP2A-213ENST00000482890 2071 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SARS2-202ENST00000430193 1886 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CCT8L1P-201ENST00000465400 1674 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 COX14-201ENST00000317943 708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 VPS29-201ENST00000360579 1091 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MIR645-201ENST00000385283 94 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PSMG3-203ENST00000404674 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SAP30L-203ENST00000440364 792 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TREX1-202ENST00000444177 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC022447.6-201ENST00000515522 438 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ALG1L13P-204ENST00000523017 765 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ENDOV-229ENST00000523999 864 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 UBXN1-214ENST00000533000 367 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AP003419.4-201ENST00000616071 517 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 LINC01746-201ENST00000621390 449 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 IGHV4-39-201ENST00000390619 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 BAX-205ENST00000391871 687 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC093627.2-201ENST00000497017 568 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC135983.4-201ENST00000564116 1262 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SMIM22-209ENST00000591870 355 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 U62317.3-201ENST00000608319 855 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TMPRSS3-202ENST00000398397 1342 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 METTL17-201ENST00000339374 1749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MAPK3-204ENST00000395200 997 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 VCPKMT-201ENST00000395859 795 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TRO-205ENST00000399736 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RPL18AP8-201ENST00000486071 528 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RPL18A-204ENST00000599898 491 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
TRIM28Q13263 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC18.02■□□□□ 0.48
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