Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.534e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-210ENST00000422647 573 ntTSL 417.91■□□□□ 0.464e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-214ENST00000427931 567 ntTSL 417.91■□□□□ 0.464e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-217ENST00000452314 545 ntTSL 216.96■□□□□ 0.314e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.34e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.254e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-206ENST00000416144 1496 ntTSL 316.55■□□□□ 0.244e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.194e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.164e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.14e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.034e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-211ENST00000423973 1441 ntTSL 1 (best)14.3□□□□□ -0.124e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-205ENST00000412636 655 ntTSL 214.01□□□□□ -0.174e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.01□□□□□ -0.174e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-223ENST00000493947 593 ntTSL 414.01□□□□□ -0.174e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.244e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-208ENST00000422164 793 ntTSL 213.22□□□□□ -0.294e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-220ENST00000488751 924 ntTSL 312.87□□□□□ -0.354e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-204ENST00000394163 4528 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.364e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-209ENST00000422422 782 ntTSL 310.66□□□□□ -0.74e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-213ENST00000425063 4624 ntTSL 3 BASIC8.31□□□□□ -1.084e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 ZNF655-222ENST00000493277 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC6.64□□□□□ -1.354e-6■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 SEMA3B-208ENST00000456210 2065 ntTSL 220.38■□□□□ 0.859e-7■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.689e-7■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.369e-7■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 AMDHD2-207ENST00000563453 555 ntTSL 214.85□□□□□ -0.033e-15■□□□□ 10.7
SF3A3Q12874 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.365e-8■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SRSF11-204ENST00000395136 1408 ntTSL 1 (best)23.49■■□□□ 1.355e-8■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SRSF11-211ENST00000473950 796 ntTSL 521.46■■□□□ 1.035e-8■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SRSF11-212ENST00000475204 760 ntTSL 520.44■□□□□ 0.865e-8■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SRSF11-215ENST00000486667 662 ntTSL 510.1□□□□□ -0.795e-8■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SRSF11-202ENST00000370950 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.95□□□□□ -1.145e-8■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.791e-323■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 USP32-208ENST00000589335 691 ntTSL 518.41■□□□□ 0.541e-323■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SCARNA20-201ENST00000516768 131 ntBASIC10.06□□□□□ -0.81e-323■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 USP32-211ENST00000590133 2563 ntTSL 29.97□□□□□ -0.811e-323■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 USP32-214ENST00000592339 4045 ntTSL 1 (best) BASIC7.77□□□□□ -1.171e-323■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-208ENST00000461888 2277 ntTSL 518.24■□□□□ 0.516e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-201ENST00000326837 3972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.036e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 AL139011.2-201ENST00000556710 2635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.296e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-215ENST00000490368 876 ntTSL 313.21□□□□□ -0.296e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-214ENST00000481831 1881 ntTSL 212.89□□□□□ -0.356e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-202ENST00000368073 4106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.446e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-212ENST00000476033 945 ntTSL 212.18□□□□□ -0.466e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-213ENST00000477163 513 ntTSL 310.22□□□□□ -0.776e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-203ENST00000368074 3824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.16□□□□□ -0.946e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 DCAF8-217ENST00000497354 738 ntTSL 57.71□□□□□ -1.186e-14■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.551e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NPEPL1-207ENST00000529976 4684 ntTSL 1 (best)18.13■□□□□ 0.491e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NPEPL1-206ENST00000527587 4633 ntTSL 517.51■□□□□ 0.391e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.033e-9■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.91e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.891e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.761e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-211ENST00000497582 1075 ntTSL 319.71■□□□□ 0.751e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.741e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.541e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.351e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 MTA1-212ENST00000481635 700 ntTSL 213.56□□□□□ -0.242e-20■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.271e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NOMO1-204ENST00000566823 1898 ntTSL 213.36□□□□□ -0.271e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.291e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 P3H4-203ENST00000465097 571 ntTSL 513.08□□□□□ -0.321e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-206ENST00000435310 507 ntTSL 212.88□□□□□ -0.351e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-202ENST00000367332 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.5□□□□□ -0.411e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-210ENST00000495205 971 ntTSL 512.24□□□□□ -0.451e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-205ENST00000414605 545 ntTSL 210.06□□□□□ -0.81e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 NOMO1-202ENST00000565655 666 ntTSL 39.92□□□□□ -0.821e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 TMEM9-207ENST00000455367 487 ntTSL 59.8□□□□□ -0.841e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 PAPOLA-211ENST00000555021 547 ntTSL 46.49□□□□□ -1.371e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 PAPOLA-212ENST00000555131 546 ntTSL 34.61□□□□□ -1.671e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 MAN2A1-206ENST00000513921 2193 ntTSL 24.18□□□□□ -1.741e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 MAN2A1-204ENST00000505313 793 ntTSL 24.17□□□□□ -1.741e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 MAN2A1-203ENST00000503970 5599 ntTSL 23.4□□□□□ -1.861e-10■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 RHBG-208ENST00000620376 1984 ntTSL 222.16■■□□□ 1.141e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 RHBG-201ENST00000451864 1927 ntTSL 221.21■□□□□ 0.991e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 RHBG-205ENST00000612897 1862 ntTSL 1 (best)17.82■□□□□ 0.441e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.371e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 RHBG-207ENST00000618120 2424 ntTSL 214.38□□□□□ -0.111e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 RHBG-206ENST00000613460 1912 ntTSL 1 (best)13.96□□□□□ -0.171e-6■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 GPT2-204ENST00000562801 2092 ntTSL 215.34■□□□□ 0.054e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.511e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.351e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SNF8-213ENST00000514929 775 ntTSL 521.55■■□□□ 1.041e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SNF8-217ENST00000576353 700 ntTSL 521.05■□□□□ 0.961e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SNF8-209ENST00000510558 1051 ntTSL 520.04■□□□□ 0.81e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.81e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-209ENST00000451404 992 ntTSL 318.85■□□□□ 0.611e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-206ENST00000423934 933 ntTSL 518.52■□□□□ 0.561e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-208ENST00000439597 854 ntTSL 318.52■□□□□ 0.561e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SNF8-216ENST00000573795 583 ntTSL 518.44■□□□□ 0.541e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.531e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 BCAM-209ENST00000590624 991 ntTSL 1 (best)17.23■□□□□ 0.351e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.161e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SNF8-203ENST00000504000 1899 ntTSL 215.86■□□□□ 0.131e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-213ENST00000485806 971 ntTSL 215.71■□□□□ 0.111e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-214ENST00000489239 859 ntTSL 315.7■□□□□ 0.11e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-207ENST00000430147 1030 ntTSL 315.64■□□□□ 0.091e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 SLC2A8-210ENST00000477027 730 ntTSL 515.37■□□□□ 0.051e-7■□□□□ 10.6
SF3A3Q12874 WIPI2-207ENST00000471851 2523 ntTSL 213.66□□□□□ -0.221e-7■□□□□ 10.6
Retrieved 100 of 27,864 protein–RNA pairs in 152.7 ms