Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ATRN-202ENST00000446916 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NFATC2-203ENST00000414705 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CACNA1G-205ENST00000360761 7497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AC013726.1-201ENST00000563747 2285 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ACAD8-201ENST00000281182 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 MINDY1-207ENST00000622754 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 XRCC3-211ENST00000555055 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 HNRNPUL1-204ENST00000392006 3555 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 KC6-205ENST00000599934 556 ntTSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL096828.3-201ENST00000615354 462 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AL023803.2-201ENST00000620080 638 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ZNF718-202ENST00000609714 2772 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ZBTB47-201ENST00000232974 3781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 TAS1R3-201ENST00000339381 3433 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 C19orf57-204ENST00000586783 2454 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ZCCHC7-209ENST00000534928 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SMTN-223ENST00000619644 3227 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 SPRY2-201ENST00000377102 2708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 THUMPD3-AS1-202ENST00000468186 3253 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 RER1-207ENST00000488353 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 FAM219A-203ENST00000379080 3591 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
HOXD4P09016 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
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