Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 PCLAF-202ENST00000380258 911 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC098657.1-201ENST00000416270 1135 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC008026.2-201ENST00000495438 348 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL162231.1-205ENST00000544078 338 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC01444-201ENST00000580867 764 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MIR4254-201ENST00000581063 76 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GMPR2-204ENST00000420554 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GMPR2-223ENST00000559836 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 KCNK18-201ENST00000334549 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AP000244.1-201ENST00000424582 201 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RN7SL788P-201ENST00000460504 316 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NDUFA3-214ENST00000485876 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GGNBP1-204ENST00000613113 887 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 VDAC1-201ENST00000265333 1953 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 STOML1-206ENST00000561656 1833 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GALP-201ENST00000357330 938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 POLR3H-204ENST00000407461 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL137026.2-201ENST00000437014 841 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ZNF877P-201ENST00000437614 612 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GALP-202ENST00000440823 889 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PRSS3P1-201ENST00000503996 742 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 EXTL3-AS1-203ENST00000520023 780 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 C1orf198-207ENST00000523410 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NKAPP1-204ENST00000555168 557 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC145285.5-201ENST00000562217 361 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 KRT8P34-201ENST00000577607 1044 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 USP32P3-202ENST00000583574 611 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NEK4P3-201ENST00000604859 544 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CST5-201ENST00000304710 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AIFM1-203ENST00000346424 1200 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 IGHV3-43-201ENST00000434710 434 ntAPPRIS P1 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RHOQP2-201ENST00000449922 579 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TROAP-213ENST00000550709 778 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CSTP2-201ENST00000610599 398 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 GUCY1B2-205ENST00000532104 1912 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 RPL3P2-204ENST00000413027 1203 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL591242.1-201ENST00000422284 343 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 KRT18P62-201ENST00000446618 1287 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 CD300LF-206ENST00000464910 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC007193.3-201ENST00000598616 188 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL136982.5-201ENST00000605222 294 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL591424.3-201ENST00000614278 872 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 KRT8P43-201ENST00000406052 1458 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FCRL6-202ENST00000339348 1422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SLC41A3-204ENST00000383598 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 HTD2-205ENST00000477305 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 ADD1-205ENST00000398125 4079 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 SIRPB3P-201ENST00000340424 1216 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AL157823.1-201ENST00000403727 628 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 DDX39B-AS1-208ENST00000420520 516 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 TEX36-AS1-202ENST00000446081 749 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 FAM3D-AS1-201ENST00000464125 821 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
CHD9Q3L8U1 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
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