Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ACSS2-202ENST00000360596 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AP1B1P1-201ENST00000432373 827 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC098935.1-201ENST00000446057 611 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PRG2-201ENST00000311862 1424 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LMNA-201ENST00000347559 3137 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HNRNPU-204ENST00000440865 3207 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RPS16-202ENST00000339471 643 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC005234.1-201ENST00000457851 434 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 SAXO2-207ENST00000566861 404 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AL645941.3-201ENST00000580587 577 ntTSL 4 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC008805.1-201ENST00000590892 364 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AC011466.3-201ENST00000596563 852 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 IRF3-215ENST00000596822 823 ntTSL 3 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ZNF596-213ENST00000640035 1163 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CBLN4-201ENST00000064571 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.02□□□□□ -0.32
TFF3Q07654 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms