Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.07□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 FBXL21-202ENST00000467490 1742 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 EPHX1-202ENST00000366837 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 DHCR7-202ENST00000407721 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RPL3-202ENST00000401609 1289 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NAT9-220ENST00000582870 896 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 IMPA2-207ENST00000588927 787 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC103691.2-201ENST00000618824 433 ntBASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RIMS1-213ENST00000517960 4428 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RIMS1-215ENST00000520567 4442 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.06□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 FAM208A-201ENST00000355628 5239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NOP14-AS1-201ENST00000503709 1616 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 TDRP-205ENST00000613071 3421 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC12.05□□□□□ -0.48
LMO4P61968 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC12.05□□□□□ -0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms