Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PNPLA5-201ENST00000216177 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CICP20-201ENST00000443330 2801 ntBASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DZIP1-203ENST00000361396 7418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KIF1A-213ENST00000498729 9221 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.83□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MAPKAPK5-206ENST00000550735 11349 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
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CHD3Q12873 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
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CHD3Q12873 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
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CHD3Q12873 UCHL1-207ENST00000508768 827 ntTSL 3 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC005912.2-201ENST00000619492 2400 ntBASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SPOCK1-202ENST00000394945 4846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.82□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.82□□□□□ -0.36
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