Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 POU6F1-208ENST00000550824 2664 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GPR132-203ENST00000539291 2779 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 PPP1R12A-AS1-201ENST00000552885 3234 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 CNOT3-201ENST00000221232 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SLC22A15-202ENST00000369503 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC005899.8-201ENST00000625127 3153 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GS1-24F4.2-201ENST00000500823 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GRID2IP-203ENST00000457091 3636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 MFSD4B-201ENST00000368847 5958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 MAP2K1-201ENST00000307102 3410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ANXA8L1-208ENST00000622769 1861 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ALDH8A1-204ENST00000367847 1587 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NEDD4L-205ENST00000400345 3647 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 DRAP1-208ENST00000532933 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SLC29A4-203ENST00000406453 2734 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 COQ7-209ENST00000569127 2575 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 NELFA-202ENST00000382882 3343 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 PRNP-203ENST00000430350 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
HPS3Q969F9 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms