Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCL28Q9NRJ3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCL28Q9NRJ3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
CCL28Q9NRJ3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
CCL28Q9NRJ3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCL28Q9NRJ3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
CCL28Q9NRJ3 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC18.89■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
CCL28Q9NRJ3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCL28Q9NRJ3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 191.6 ms