Protein–RNA interactions for Protein: Q9NNX9

VCX3A, Variable charge X-linked protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 186 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCX3AQ9NNX9 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VCX3AQ9NNX9 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
VCX3AQ9NNX9 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VCX3AQ9NNX9 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
VCX3AQ9NNX9 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CACNA1I-204ENST00000407673 5952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
VCX3AQ9NNX9 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VCX3AQ9NNX9 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 166.1 ms